In tutti i linguaggi diventa ostico gestire un progetto complesso senza redigere un'adeguata documentazione.
Tante volte diventa anche complicato perché non si seguono rigidamente delle regole, ma si procede a casaccio, della serie "basta che funzioni", magari un'operazione che andrebbe svolta da un model la inglobi in un controller perché "Ma sì, sono 2 righe, le metto qua, che sarà mai?", poi col passare del tempo te ne dimentichi e le ritrovi solo dopo esserti ammattito pensando dove potessero essere.

Non so quanto sia complesso il tuo progetto, ma per progetti seri si scrive un bel po' di documentazione.
Per un progetto all'università io e il mio compagno finimmo per scrivere un manuale di oltre 400 pagine.

Per iniziare potresti documentarti su UML, quindi diagramma delle classi, schema ER, activity diagram e compagnia bella.