Lato PHP non lavorerai davvero con JSON.
Prendi la stringa JSON, la passi alla funzione json_decode() ed avrai un normale array PHP, è su questo che opererai le modifiche.
Una volta modificato l'array PHP, lo passerai alla funzione json_encode() che lo trasformerà di nuovo in una stringa JSON.
Codice PHP:
// array PHP
$prodottiPHP = [];
for( 
$i=0$i<3$i++ )
{
    
// inserisco 3 prodotti a caso nell'array PHP
    
$prodotti[] = ['IDprodotto' => rand(10,300), 'quantita' => rand(1,100)];
}

// adesso mi serve l'array JSON
$prodottiJS json_encode($prodottiPHP);

echo 
$prodottiJS "<br>";

// ad un certo punto devo aggiungere un prodotto
// cambio variabile solo per farti capire, in questo caso non sarebbe necessario
$prodottiPHPnew json_decode($prodottiJStrue);

$prodottiPHPnew[] = ['IDprodotto' => rand(10,300), 'quantita' => rand(1,100)];

// aggiorno l'array JSON
$prodottiJS json_encode($prodottiPHPnew);

echo 
$prodottiJS "<br>"