Ricordavo bene quel che mi avevi detto sull'uso di document.write e cioè che faceva perdere i dati di <body>:
Non solo del body. Perdi proprio tutto il documento corrente. Dal momento che poi non ci sarà più né il <body> né un elemento <html> con tutto il resto; il browser probabilmente aggiungerà in automatico questi elementi per creare un documento html valido.

Ma, ripeto, nella maggior parte dei casi, per le comuni applicazioni, l'uso di document.write è inutile e da evitare.

Per recuperare ciò che hai fatto, sostanzialmente ti basta eliminare "l'involucro" del document.write.
Col tuo editor dovresti avere la possibilità di fare un cerca/sostituisci. A quel punto ti basta spostare l'intero blocco dei document.write nel body quindi fare una cosa del tipo:
- cerca: document.write("
- sostituisci con: (stringa vuota)

e ancora:
- cerca: ");
- sostituisci con: (stringa vuota)

Avrai una scrematura del codice html; poi, qualche aggiustatina e il gioco è fatto, no?

Personalmente rivedrei comunque l'intero elaborato con un approccio più "professionale", se così possiamo dire.
Se ti può essere d'aiuto, posso provare a preparare qualcosa rielaborando il tuo codice secondo i criteri accennati inizialmente.
Sarebbe una base da cui puoi proseguire.

Fammi sapere.