Lo script è volutamente scritto dopo i div.

Ecco il codice completo di una pagina di esempio semplificata...
codice:
<!DOCTYPE html>
<html>
<body>


<div id="contare">
	<a href="#html">HTML</a><br>
	<a href="#css">CSS</a><br>
	<a href="#xml">XML</a>
</div>
<div id="nonContare">
	<a href="#php">PHP</a><br>
	<a href="#java">Java</a>
</div>


<script>
	var conta = document.links.length;
	alert(conta);
</script>


</body>
</html>
L'alert dovrebbe restituire 3, escludendo i link nel div "nonContare", correggendo lo script ovviamente.