Risolto:
mancava la g nella regex:
codice:
function setSegSocial(){
    var segsoc=$(this).val();
    segsoc=segsoc.replace(/[^0-9]/g, '');
    if(segsoc.length>12){
        segsoc=segsoc.substr(0,12);
    }
    if(segsoc.length>10){
       segsoc=segsoc.slice(0,2)+"/" +segsoc.slice(2,10)+"/"+segsoc.slice(10);
    }else if(segsoc.length>2){
        segsoc=segsoc.slice(0,2)+"/" +segsoc.slice(2)
    }
    $(this).val(segsoc);
}