Scusa se ti ho fatto fare confusione, per� no, non avrai tutto il tuo codice in index.php.
Quel file sar� solo il punto di accesso per la tua applicazione.

Solitamente in index.php avrai qualcosa di questo tipo:

codice:
<?php
require_once 'vendor/autoload.php';


use tuonamespace\App;


$App =  new App();

La prima riga carica l'autoloader di composer, che io solitamente uso sia per gestire le dipendenze esterne, sia per caricare con l'autoloader le classi del namespace dell'applicazione (cos� ti eviti di usare tanti require per caricare le classi).

La seconda istruzione dice a php che andremo ad usare la classe app.php che si trova all'interno del namespace dell'applicazione, che qui ho chiamato "tuonamespace" ma che ovviamente puoi chiamare come vuoi.

Se non conosci composer, l'autoloading o i namespace vai a leggerti qualcosa, sono tutti concetti fondamentali nella programmazione oop.

La terza istruzione invece istanza la classe App, a questo punto la gestione delle richieste � delegata a questa casse e quindi il tuo codice andr� li dentro. Nella classe App avrai per esempio la gestione delle route da cui richiamerai i vari controller e altre operazioni in base alle caratteristiche della tua applicazione. Ovviamente anche dentro la classe App potrai richiamare classi esterne per fare le varie operazioni, sempre attraverso l'uso dei namespace.

Ora sono convinto di averti incasinato ancora di pi�

Per iniziare vatti a vedere come funzionano:

namespace
composer
autoloading (anche tramite composer)

E vedrai che dopo anche questi concetti ti saranno pi� chiari.