Non conosco quel plugin ma ragionando per logica presumo abbia degli appositi eventi.

Sul link che hai postato c'è la documentazione dove trovi anche i vari eventi che puoi utilizzare; fai solo attenzione che quella pagina è riferita alla versione 3.5.3 mentre tu stai usando la 4.0.6 (come vedo dal tuo codice); ho visto che per utilizzare gli eventi ci sono delle differenze sostanziali tra le due versioni.

Nel tuo caso devi consultare la documentazione riferita a Select2 Latest. Su quella pagina trovi una casella di ricerca, scrivici "events" e clicca sul risultato trovato "12. Programmatic control > Events".

Dai uno sguardo agli eventi select e unselect e a qualche esempio in quella stessa pagina per capire come usarli; è ciò che serve a te.

Fai qualche prova e vedi se riesci.
Fai sapere.