Provo a darti un parere un po' più tecnico.

A mio modo di vedere un sito web conviene sempre per questione di visibilità e ti apre le porte a moltissime opzioni (campagne pubblicitarie, email marketing, articoli su portali turistici etc...).

Tramite organico chiaramente puoi avere traffico extra, ma dovresti prima analizzare la concorrenza e capire se realmente puoi scalare la SERP fino alla prima pagina (se non sei in prima pagina è praticamente inutile).

Mi ricordo di un B&B che aveva anche un blog con articoli che aiutavano i visitatori (tipo Come arrivare a... Cosa fare... etc..) e questa strategia funzionava molto bene.

Chiaramente è da intendersi come una strategia a lungo termine, il SEO difficilmente dà risultati visibili subito.

Considera anche l'investimento che il più delle volte è minimo e lo spalmi su molti anni.

In definitiva, secondo me è utile in ogni caso, ma per farlo "fruttare" al meglio dovresti puntare nel dare servizi/informazioni aggiuntivi/e rispetto a quelle dei siti di booking.

P.S. In realtà non è tanto per evitare le commissioni, almeno per me, quanto più perché i servizi di comparazione non mi piacciono granché (ti parlo allo stesso modo di Booking, Kelkoo o SkyScanner). Specie se poi sul sito ufficiale ho una migliore assistenza e supporto.