io lo do sempre in sovrastampa
al massimo per evitare quel problema riscontrato da te, potevi aggiungere una linea di x spessore e non mettere il riempimento in sovrastampa

oppure potevi aggiungere sotto il nero tutti e 4 i colori ma non pieni in % diverse tra loro, tranne il nero che resterebbe l'unico al 100% tipo:

C= 30%
M= 20%
Y= 10%
K=100%