Consigliarti riga per riga è piuttosto difficile. Nel tuo css ci sono già implementate le media query da quel che vedo tipo in skeleton.css riga 208. Anche provando a modificare al volo ci sono troppe regole da editare per far quadrate tutto. La cosa migliore è metterti li a ispezionare il css dalla console e modificare man mano le parti interessate.
Da quel che noto ora però, viene incluso bootstrap. Mi chiedo perchè non viene usato il suo sistema nativo di griglie il quale risolverebbe tutto dato che è repsonsive come si deve (griglia ed elementi vari).
https://getbootstrap.com/docs/3.3/getting-started/
https://getbootstrap.com/docs/3.3/css/#grid
https://getbootstrap.com/docs/3.3/css/#forms