Non sono certo un esperto di cordova o di frontend, ma secondo me dovresti avere un backend basato su api e gestire le sessioni sul frontend tramite chiamate alle api, è il modo migliore per organizzare questo tipo di applicazioni.
Credo che ti serva un po' di refactoring sul backend prima di poter interfacciare una app in cordova/js.

p.s. anche se ot, valida sempre le variabili post prima di metterle in una query sql.