Io non ho capito la domanda. Ma se includi uno script nell'header quello sta elaborando per l'header. Stessa cosa se lo includi nel footer. Quindi non c'è alcun bisogno di dirgli "dove" sta elaborando, in quanto elabora dove viene eseguito.

Spiegaci cosa vuoi arrivare a fare, magari c'è una soluzione diversa/più pratica.