Ad occhio e croce la pagina HTML dove includi lo script è a sua volta un PHP o non potresti fare un inlcude.
Così come scritto e come descritto, se inlcudi lo script 2 volte sia nell header che nel footer( impostando il valore di $tagdiprovenienza) dovresti avere appunto l'ultimo valore assegnato.

Il fatto per cui indichi che "Se" incluso in header o in footer mi fa pensare che a monte prima dell'inclusione ci sia una logica per capire dove lo stai inserendo. Da qui avresti già la risposta (ma non so come avviene l'inclusione in un caso o nell'altro).