Non ho mai usato EF con MySql, ma sicuramente il problema della versione 5/6 sta proprio li, non so se c'è bisogno di qualche pacchetto aggiuntivo per la 6 con MySql.

Riguardo l'eccezione del post comunque il problema sta chiaramente nella versione della dll SqlServer.Types che secondo me va poco d'accordo anche lei con MySql, inoltre un problema simile è successo anche ad un mio collega (con Sql!), lui ha risolto con il downgrade della dll perchè non poteva aggiornare il server di destinazione.

- il pacchetto nuget Microsof.SqsServer.Types 11 lo hai aggiunto? (casomai aggiungilo)
- se lo hai già aggiunto prova a fare il downgrade alla 10