1) L'errore riguarda una classe ReadFile, mentre tu hai postato una classe che si chiama ReadGm1 (ok, l'hai rinominata... rendi coerenti anche i messaggi, allora).

2) La tua RegEx "(id)\\s*[0-9]*" nel metodo getNodes() ammette anche stringhe che non hanno alcuno spazio tra "(id)" e l'eventuale numero. Di conseguenza, dopo aver splittato usando lo spazio come separatore devi accertarti che l'array risultante abbia effettivamente almeno 2 elementi prima di poter accedere al secondo. Evidentemente nel file che stai leggendo esistono stringhe che iniziano con "(id)" ma che non hanno alcuno spazio dopo (o non hanno proprio nulla dopo).

Ciao.