Dipende dal livello e a cosa punta la webagency in considerazione.
Se si tratta solo di fare siti per piccoli clienti si farà tutto con qualche CMS: WP per siti vetrina o poco più, Magento o simili per eCommerce, in questi casi devi conoscere il PHP che serve per modificare o creare plugin per tali CMS.
Ci sono poi webagency che realizzano anche vere e proprie applicazioni web, qui in genere si usa un qualche framework, Laravel è ancora relativamente poco diffuso in ambito lavorativo qui in Italia, si usano di più Zend e Symfony, un po' Yii.
Altre webagency puntano a creare prodotti propri e quindi realizzare applicazioni con codice totalmente proprietario, ma lì devi effettivamente essere bravo, perché non hai aiuti da cose già fatte e che al più vanno adattate alle proprie esigenze, tranne librerie già sviluppate internamente.
La risposta è quindi necessariamente un po' vaga, ci sono realtà diverse che spaziano su tutti i livelli, dipende a cosa punti e cosa sai fare.