Per fare questa prova ho cercato di mantenere il codice più elementare possibile.
Questo è il file che richiamo digitando l'indirizzo nel url:

<?php
use PHPMailer\PHPMailer\PHPMailer;
use PHPMailer\PHPMailer\Exception;
include_once '../PHPMailer/src/Exception.php';
include_once '../PHPMailer/src/PHPMailer.php';
include_once '../PHPMailer/src/SMTP.php';

include 'funzioni.php';
controlli();
?>

e questo è il file funzioni.php:

<?php
function controlli(){invio_email();}

function invio_email() {… tutto il codice per l’invio dell’’email …}
?>

Non mi pare che il problema sia nell'ordine di inclusione dei file.