Qualsiasi installer moderno consente di installare/eseguire ulteriori setup, che possono essere inglobati nel setup principale o scaricati da internet. Quale delle due scelte dipende dalle esigenze pratiche dell'applicazione.
Personalmente ho sempre inglobato, per evitare problemi di compatibilità.

Anche InnoSetup è in grado di farlo egregiamente.

Ogni installer ha le proprie istruzioni, quindi devi armarti di buona volontà e studiarti la guida.

Poi, ovviamente, è indispensabile fare dei test su macchine virtuali per vedere se tutto funziona come si deve.
Questa è l'unica soluzione possibile.