Sì, giuste considerazioni. E' chiaro che una volta eseguita una qualsiasi pagina PHP (che sia aperta direttamente nella finestra del browser o dopo una chiamata AJAX), nel client non resta alcun riferimento della situazione lato server, come già ti ha indicato ciro78:
nel momento che js entra in funzione php non esiste più. il server ti ha restituito l'html e puoi lavorare solo su quello.
A tal proposito, tutti i dati per l'interrogazione del DB dovranno essere inclusi nuovamente nella pagina a cui punta AJAX, così come avviene nella pagina principale; ma questo mi pare il minimo.