Con una chiamata AJAX puoi inviare dati ad uno script PHP senza ricaricare la pagina, per PHP sarà esattamente come ricevere dei dati provenienti da un form.
Quindi il timer ed i dati da inviare a PHP dovresti gestirli con javascript, ovviamente la pagina sul browser deve essere sempre aperta, perché appena la chiudi finisce l'esecuzione di JS.
Per sapere come funzionano le chiamate AJAX chiedi nella sezione JS, lato PHP, ripeto, è come se arrivassero dati da un form.
Se invece vuoi, e puoi, gestire tutto tramite PHP devi usare Crontab se sei su server Linux, oppure Operazioni Pianificate se su server Windows, ma il server dove risiede lo script PHP deve supportare tali servizi.
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