L'esecuzione multipla del run() suppongo ci possa anche stare. Il problema però stava nel fatto che tu la stavi eseguendo ogni secondo col setInterval, e forse anche di più, perché da quello che ho capito stavi istanziando multipli intervalli che chiaramente creavano un esecuzione di script a livello esponenziale.

Bisogna capire se il sistema funziona eseguendo il run() solo quando vengono creati i nuovi blocchi (senza intervalli o altri accrocchi), come ti ho indicato di fare. Tu mi dici che hai già provato ma, non vedendo come hai effettivamente impostato la cosa e non potendo testare personalmente la pagina, qualche dubbio mi viene.

Prova ad impostarla come ti ho indicato e magari riporta qui il codice di ciò che hai fatto, altrimenti viene difficile aiutarti.