ffmpeg non l'ho mai usato, ma generalmente quando ci sono problemi simili in grafica può essere colpa delle risoluzioni diverse tra watermark e video/immagine su cui va apposto.
Se hai video diversi, per esempio uno 1280x720 e uno 1920x1080 ed un solo watermark, sempre per dire, 200x100 sul video fullHD coprirà un'area in percentuale minore, ti sembrerà più piccolo, ma non è stato ridimensionato.