io lo utilizzo da qualche anno (sotto windows), utilizzo anche la funzione upload automatico, oppure manuale e funziona benissimo. L'upload automatico viene fatto quando esci dalla schermata di phpstorm. Comunque da filezilla vedi l'orario modificato del file, controlla se il file viene salvato realmente, e se la cartella che hai scelto di uplad è corretta


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