namespace in mvc

[boots]

Se usi i namespace va anche cambiato il modo di istanziare un oggetto (ovviamente fuori dal suo namespace), dovendogli specificare il namespace a cui appartiene.
Ad esempio, per la tua classe app\modelli\Utente, nel controllore

$utente = app\modelli\Utente();

oppure

use app\modelli as modelli;
...
$utente = modelli\Utente();

oppure

use app\modelli\Utente;
...
$utente = new Utente(); 

Nel tuo caso, visto che, te li carichi in modo dinamico ti conviene fare così:

public function modello($modello){
  require_once '..app/modelli/'.$modello.'.php';
  $class = 'app\modelli\'.$modello;
  return $class();
} 

Detto ciò, se fossi in te, valuterei l'utilizzo dell'autoloading di php. Tra l'altro ci sono diverse implementazione già fatte che seguono degli standard (PSR-4 o PSR-0)