Sei troppo nell'ipotetico.

Diciamo la tua idea è di fare un sito che prende dei PDF caricati dall'utente e ci fa delle operazioni (non interattive per semplificare).

I PDF non sono gestiti nativamente da nessun framework e quindi per forza di cose dovrai gestire la manipolazione attraverso componenti esterni, quindi PHP, .net o java non cambia molto se non la difficoltà nell'usare le librerie esterne.

Per non "stressare" il server la via più scalabile è sicuramente quello di schedulare il lavoro.
Ad esempio l'utente carica il pdf e "prenota" un elaborazione, che non viene eseguita direttamente dalla pagina che stai usando ma da un servizio che prende in carico la prenotazione, esegue l'operazione e ti avverte quando il lavoro è finito.