Lo so che è strano, appunto sto chiedendo a chi probabilmente ne sa più di me.

Parto da un file che uso come modello, che si legge correttamente (sia a codice che da browser) e lo salvo con altro nome in modo da avere le pagine del sito tutte con lo stesso layout, quindi apporto le necessarie modifiche ai contenuti... A quel punto, al primo salvataggio, tutte le vocali accentate si trasformano.