Ciao, dalle indicazioni fornite non si capisce se le cause del problema siano da valutare lato PHP o lato JavaScript

Cerchiamo di chiarire.

Lato JavaScript a livello puramente sintattico non ci sono errori che impediscano il funzionamento dello script se si assegna un valore null ad una variabile.

Attribuire un valore nullo (inteso esattamente come valore primitivo null) ad una variabile JavaScript, normalmente non comporta errori di script. Bisogna capire però nel contesto se quel valore da fastidio al resto dell'applicazione ed eventualmente prevenire sostituendolo con un qualche altro valore.

Plotly.newPlot() cosa fa? che valori si aspetta? il parametro data, e nello specifico data.y, deve avere un valore diverso da null?

In questo caso è possibile prevenire il problema, via JavaScript, assegnando un valore alternativo a null per tale variabile; ad esempio, se il sistema si aspetta un valore numerico, potrebbe essere assegnato 0 anziché null.

Quella riga potrebbe essere impostata con una cosa del genere:
codice:
y: [<?php echo $y_1;?>] || 0,
.
Se invece il valore nullo è visto lato PHP (che può anche essere un valore null definito per la variable $y_1) è possibile che lato client arrivi un valore vuoto (cioè non sia stampato niente in quel punto), in questo caso JavaScript potrebbe restituire degli errori di sintassi.

Quindi, cosa restituisce esattamente il PHP in quel punto?

E' normale che il PHP in quel punto restituisca un valore nullo (vuoto o quel che è)? Se non lo è allora il problema sta nel PHP.

Se vuoi che da PHP sia restituito un valore alternativo (ad esempio 0) al posto di un valore nullo (vuoto) allora puoi impostare quella parte in questo modo:
codice:
y:[<?php echo $y_1 ? $y_1 : 0;?>],
.
Valuta i diversi punti ed eventualmente prova una delle soluzioni. Se il problema non si risolve cerca di fornire maggiori dettagli sul contesto.

buon proseguimento.