Stando al man page del comando rsync, la password, oltre che "a mano" da prompt, si può anche passare in due modi:
- tramite variabile di ambiente RSYNC_PASSWORD
- tramite file esterno specificando l'opzione --password-file nomeFileContenenteLaPassword
Da Java puoi benissimo lanciare il comando rsync passando la password in uno di questi due modi a tua scelta.
P.S. il man page dice anche chiaramente: WARNING: On some systems environment variables are visible to all users. On those systems using --password-file is recommended.


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