Allora io gestirei i singoli prodotti in una tabella in singole righe in mysqli dove per ogni riga ce un campo id_prodotto, nomeocodice_prodotto, famiglia, quantita_minima e poi altri dati riguardanti il prodotto poi una tabella dove tieni i dati dei clienti e una tabella dove tieni gli ordini con id_cliente e id_prodotto e quantita e poi ti gestisci in php i vari prodotti, clienti, ordini e varie scontistiche
spero di aver capito il tuo progetto e di esserti stato d'auito