In effetti pensavo fosse più semplice.
Con vs2017 ho installato SqlCeVsToolbox.4.7.666.vsix, che mi permette di osservare con vs cosa c'è nel file.

Sempre con vs2017 ho provato a leggere una tabella usando la libreria consigliata https://www.nuget.org/packages/System.Data.SQLite

Con vs 2010 la musica cambia, perchè non riesco a installare il package. Ho risolto installando le due librerie SQLite.Interop.dll e System.Data.SQLite.dll