Scusa ma la tua è una webapp? Se è una webapp JavaEE sì, i jar VANNO nella WEB-INF/lib
Se è una app desktop/console si può fare in diversi modi con più scelta.
Se è una webapp, il MANIFEST generalmente NON si tocca mai (salvo casi particolari).
Se è una app desktop/console E vuoi avviare con java -jar xxx.jar allora sì, ci vuole il Class-Path nel Manifest ma in genere è preferibile farlo gestire ad un tool di build (es. Ant/Maven).