Allora cerco di spiegare cercando di essere chiaro.
In pratica sto realizzando un piccolo gioco in php, ovviamente a scopo del tutto amatoriale per approfondire le conoscenze.
E in questo caso mi serve questa piccolo script in js per rendere diciamo dinamico il tutto.

In poche parole l'utente ha una barra di energia che va da 0 a 100 punti. Quando fa delle azioni praticamente i punti energia diminuiscono e ha la possibilità di ricaricarla cliccando un pulsante. Ecco che quindi parte il timer che ovviamente non è infinito, ma sarà bloccato sempre dall'utente stesso quando deciderà di sospendere la carica. Quindi avrà un altro pulsante "sospendi" che farà terminare il timer e aggiungerà alla sua energia che aveva già (il fatidico 50 che ovviamente è solo un esempio) la differenza del tempo che ha caricato (quell'1% appunto che dicevi tu ogni tot tempo). Tutto qui, ovviamente tutto il lavoro è fatto lato server col php. Il js mi serve solo per rendere dinamico il timer e l'avanzamento della barra.
Spero di essere stato chiaro e di ricevere consigli su come snellire quel codice postato da me. Grazie