Cambiare colore riga se record corrisponde a file nella cartella

[Alhazred]

Nel tuo codice, qui

foreach (new RecursiveIteratorIterator(new RecursiveDirectoryIterator($path)) as $file) 
{
    $file = $file->getFilename();
} 

ad ogni iterazione sovrascrivi la variabile $file, per questo ti risulta sempre l'ultimo nome di file.
D'altro canto $file è una variabile semplice, non un array, quindi è anche normale che alla fine ci sia una sola stringa all'interno, ed ancora, usi lo stesso nome di variabile per 2 cose diverse.

Io il tuo codice lo cambierei così

<?php
$sqlSelect = "SELECT * FROM wrin WHERE modulo = '$modulo' ";
$result = mysqli_query($conn, $sqlSelect);
 
$path = 'pdf/'.$modulo;
foreach (new RecursiveIteratorIterator(new RecursiveDirectoryIterator($path)) as $file) 
{ 
    $files[] = $file->getFilename();
} 

if (mysqli_num_rows($result) > 0)
{
?>
<table class="table table-sm" width="145%">
    <thead>
        <tr>
            <th>Wrin</th>
            <th>Descrizione</th>
            <th>Contenuto</th>
            <th>Quantità</th>
            <th>Note</th>
        </tr>
    </thead>
    <tbody>
<?php
while ($row = mysqli_fetch_assoc($result)) 
{
    $soggetto = $row['modulo']."_".$row['wrin'];
    
    $class = in_array($soggetto, $files) ? 'pdfbassa' : 'nopdfbassa';

    echo "<tr class='testo_light2 " . $class . "'>
            <td>".$row['wrin']."</td>
            <td>".$row['descrizione']."</td>
            <td>".$row['contenuto']."</td>
            <td>".$row['quantita']."</td>
            <td>".$row['note']."</td>
          </tr>";    
}
?>
    </tbody>
</table>

N.B. potrebbe essere necessario aggiustare qualcosa, non so esattamente come sono i dati che recuperi.