Come devo modificarlo per farlo andare dall'esterno?
Ciao, dipende da cosa sta succedendo.

In qualunque caso quando riscontri dei problemi di script verifica sempre nella console del tuo browser (F12 per aprirla, quindi vai alla scheda Console) se ti saltano fuori degli errori nello script.

Se trovi qualcosa del tipo "$ is not defined" allora assicurati di includere la libreria jQuery posizionando l'inclusione prima di quella dei tuoi script in cui usi tale libreria. Solitamente questo è uno degli errori più comuni commessi da chi si avvicina all'uso di librerie/framework JavaScript.

PS
Può influire il fatto che nel file esterno ho anche una funzione per l'orologio scritta in javascript classico? Quella li funziona perfettamente...
In genere, no a meno che non ci siano conflitti a livello di variabili utilizzate per la libreria in questione