Riesci a fare queste due cose?
1) popolare un campo select di un form con i nomi dei file presenti nella cartella dati
2) dato un file di dati mostrare il grafico

Se ci riesci, ciò che ti manca è inviare il nome del file allo script php che genera il grafico.
Questo lo puoi fare semplicemente inviando il form, nello script PHP recuperi il nome del file da usare con $_POST['nome_dato_al_campo_select'] ed aggiungendo questo all'url che ha a disposizione lo script, tanto la cartella da quanto ho capito è sempre la stessa, cambia solo il nome del file.