Le librerie pdf non supportano completamente le istruzioni css, quindi il problema può essere quello.
Per fpdf non so se c'è una lista di istruzioni supportate.
Per https://github.com/mpdf/mpdf invece c'è e la trovi qui: https://mpdf.github.io/css-styleshee...orted-css.html
Stessa cosa per https://github.com/dompdf/dompdf che ha la lista qui: https://github.com/dompdf/dompdf/wiki/CSSCompatibility
Io ti consiglio (se nel tuo caso è possibile) di utilizzare qualcosa come https://github.com/KnpLabs/snappy che usa un software da linea di comando che si chiama https://wkhtmltopdf.org/ e che in pratica utilizza Chrome per renderizzare il pdf (quindi il pdf è esattamente come lo vedi su Chrome). Sicuramente l'installazione è più complessa e non adatta a tutti gli ambienti, ma ti assicuro che ti elimina molti grattacapi, specialmente se devi generare molti modelli di pdf diversi. Questa non so se supporta perfettamente il flexbox.
Un'altra alternativa è usare https://github.com/puppeteer/puppeteer che fa più o meno la stessa cosa ed è basato su Node. Questa libreria supporta perfettamente anche il flexbox.
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