E' esattamente come pensi, include('prova.php'); essendo dentro un echo viene visto come una stringa, non come una istruzione.

Non hai bisogno di usare un echo per scrivere i tag del form.

Codice PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC>
<html>
<head><title>REGISTRAZIONE WIND LINEA ATTIVA</title>

<?php
//qui ho le mie variabili
?>

<form action='' method=''>

//codice html

<?php
include ('prova.php');
?>

//codice html

</form>
</body>
</html>