Ciao,
potresti caricare dinamicamente gli script al posto di inserirli direttamente nella pagina.
Una cosa tipo questa:
codice:<script> load(true); function load(remote) { var script = document.createElement("script"); script.type = "text/javascript"; if (!remote) script.append("alert('ciao');"); else script.src = "Scripts/test.js"; document.body.append(script); } </script>