EDIT:
Leggendo il manuale online del PHP, scopro che count() ha un parametro opzionale in più COUNT_RECURSIVE il quale conta tutto il "cucuzzaro".
Nel mio caso, vedi il post di cui sopra, il risultato è 14.

Al momento ho risolto dividendo 14 per 2 e poi togliendo ancora due alla cifra risultante, così ho 5.
Non mi pare molto ortodosso, a me funziona perché i valori dei due sotto array sono sempre uguali, ma in casi diversi non saprei cosa fare.