personalmente valuterei il seguente flusso:
1) resta tutto invariato fino all'arrivo del MDB sul server ( anche perchè lo hai già fatto)
2) chiamata ad una pagina del sito che da il via al seguente giro del fumo
2.1) popola tab temp di mysql a partire da MDB
2.2) in un'unica transazione ( direi a livello di isolamento seralizable)
esecuzione via istruzioni sql di :
2.2.1) truncate da tab Mysql buona
2.2.2) insert in tab Mysql buona da tab Mysql temp
2.2.3) truncate da tab Mysql temp