Ciao, la questione penso non sia risolvibile attraverso il solo CSS o il markup HTML. Ho visto che in genere una soluzione, per rendere quel valore dinamico, è quella di integrarlo attraverso il codice lato server, come appunto hai già fatto tu stesso.
Capisco però il problema che descrivi riguardo la necessaria modifica di entrambe le parti, CSS e HTML. In tal caso una possibile alternativa è quella di agire via JavaScript per recuperare quel valore della variabile CSS e scrivere runtime quei tag in modo dinamico.
Potresti usare una cosa del genere, da inserire ovviamente nell'head in sostituzione di quei due tag (che appunto saranno scritti runtime) e facendo attenzione ad inserire questo script solo dopo l'inclusione del CSS in questione (in modo che la variabile CSS risulti disponibile da JavaScript):
codice:
<script>
;(function(){
let colore = getComputedStyle(document.documentElement).getPropertyValue('--ColoreScuro');
document.write(
'<meta name="msapplication-navbutton-color" content="'+colore+'">'
+'<meta name="theme-color" content="'+colore+'">'
);
}());
</script>
Prova e fai sapere.