il codice html non si può nascondere.
se così fosse il browser non saprebbe cosa farti vedere.

puoi imbrogliare scrivendo tutto in js.
ma renderesti le pagina lente, e il browser dovrà interpretare gli script per servirli come html.
quindi un lavoro inutile.

riguardo a nascondere i percorsi.
es sito.tld/dir/file.html servito come sito.tld/index.html
se fatto su tutti i file è un diavolo di casino che ti darà mille conflitti.

se stiamo parlando solo dei file "pagina" allora si dovrebbe passare ad una tecnologia dinamica (asp, net, php...) e gestire tutto col supporto di un database. quindi potresti avere un solo file visibile al pubblico (ad esempio default.asp).

più complicato è gestire immagini e allegati: andrebbero letti da una directory e serviti tramite oggetti server che leggono questi file e poi li trasmettono al client