Per eseguire un qualsiasi script sul server ogni tot secondi, devi programmarne l'esecuzione tramite Crontab (Apache) oppure Operazioni Pianificate (IIS), per questi argomenti chiedi nella sezione relativa al server che usi.
Lo script che deve sovrascrivere il file di testo dovrà semplicemente aprire il file con fopen(), scrivere il file con fwrite() e chiudere il file con fclose().
Nei link indicati trovi anche esempi.
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