Penso che le tue perplessità siano più che lecite, queste domande se le sono poste un pò tutti dalla nascità di node + express + mongo (anche il sottoscritto).
Ho praticamente abbandonato PHP da 2 anni (come molti sviluppatori web) per dedicarmi ad un full immersion su Javascript lato client/server, il passaggio da PHP è stato abbastanza traumatico forse anchè per il fatto delle mie scarse conoscenze su JS, c'è voluto un pò di tempo e risorse (libri, videocorsi, tempo) per capire la versatilità e potenza di questo linguaggio che con ES6 ha fatto passi da gigante.
Avere un buona conoscenza su Javascript è sicuramente vincente, perchè questo linguaggio ti permette di studiare e capire più velocemente i vari framework (express, react, ecc) per web-app o app ibride su android/ios (vedi react-native) è dunque non solo limitato allo sviluppo web.
Ti consiglio, sempre che tu voglia intraprendere seriamente questo percorso è di iniziare con Javascript ES6, dunque studiare il linguaggio lato client (capire bene il DOM), avere un buona conoscenza di HTML5 e CSS è dato per scontato.
Il passaggio successivo è lo studio di Javascript lato server, dunquè node + express + mongo; Express non è altro che un framework di node che ne semplifica molto lo sviluppo, mongo o mongoDB è un database non relazionale che ha più pro che contro rispetto ai database relazionali come mysql. C'è anchè tutto il discorso NPM (gestore pacchetti js/node) e GitHub (versionamento codice) da prendere in considerazione.
L'ultimo step potrebbe essere quello di dedicare del tempo a "react-native" per lo sviluppo di applicazioni ibride android/ios, anchè se questo è più plus e dunquè non proprio obbligatorio per un percorso dedicato allo sviluppo web, ma che sicuramente fa testo sul curriculum.
Scusa se ho messo troppa carne sul fuoco, gli argomenti con Javascript sono vermante molti.