Path assoluta e relativa

[Alhazred]

Basta che provi a fare l'echo dei 2 path ottenuti per capirlo.
Comunque no, dovrebbero darti lo stesso percorso, ma occhio ai divisori di livello, il primo se sei su Windows usa i backslash \ e portresti trovarti con un path che ha \ e / mischiati, il secondo usa sempre e comunque i forwardslash /

Stampa a video i 2 percorsi per renderti conto di cosa sta succedendo.

Comunque se all'intero di questo file php stai provando ad usare questa come path relativa

[...]
invece con quella relativa no:
- project/area-pdf/doc/

allora stai sbagliando, perché dentro a project/area-pdf già ci sei