Ciao scusa ho letto adesso il tuo sorgente, il file da te creato/generatore non inserisce il doctype come prima riga, probabilmente non è idoneo il tuo editore preferito invece usa uno dalla lista di php, il punto 4 c'è il link che a sua volta ti porta su Wikipedia.
Ecco una versione più raffinata del precedente codice.
Codice PHP:
error_reporting(-1);
ini_set('display_startup_errors', '1');
ini_set('display_error', '1');
$string = 'citt' . "\XC3\XA0";
//Esiste anche la compatibilità da decimale  0 a 127 senza X
//Se servito come documento html UTF-8
var_dump(htmlentities($string, ENT_COMPAT | ENT_HTML401, 'UTF-8'));
$string .= "\XFF";
var_dump(htmlentities($string, ENT_COMPAT | ENT_HTML401, 'UTF-8')); 
Se vuoi risolvere fai un passo per volta, usa (crea/aggiorna i dati solamente con php e ovviamente la libreria mysqli se ti devi interfacciare al database Mysql).
Se fai molteplici cose difficilmente ne verrai a capo.