Molto meglio usare un framework come Laravel che rende molto difficile permettere SQL Injections quando si usa, ad esempio, Eloquent per integragire con i dati.
Altrimenti usa i prepared statements di PDO con qualche piccolo accorgimento aggiuntivo e sei a posto:
https://stackoverflow.com/questions/...-sql-injection
A perte ciò, cosa intendi con "codificare la URL"?
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