Allora mi rispondo da solo che è meglio.
Mi sono accorto che
$myCon -> set_charset("utf8mb4_unicode_ci");
non funziona e ho dovuto mettere semplicemente
$myCon -> set_charset("utf8");
Quindi dove possibile ho impostato utf8_general_ci.
Ora funziona perfettamente anche se il server charset è impostato su latin1
Ciaooo