Il problema del charset è qualcosa su cui ci siamo scontrati tutti. Nelle vecchie versioni du mysql era possibile persino specificare la codifica della connessione (non so se sia ancora così) e quindi la possibili confusioni erano tantissime.
In ogni caso prima di impazzire del tutto, controlla anche la codifica del FILE in cui scrivi il codice. Non tutti ci pensano e spesso porta a dannarsi l'anima.