Ho trovato una impostazione del codec Xvid che metteva l'aspect ratio a 16:9, sovrascrivendo in sostanza il resize che davo io.
Vediamo se ora si sistema; in futuro vedrò di allineare tutte le impostazioni... VirtualDub è un programma per smanettoni, ma usato bene produce ottimi risultati a costo zero.

Grazie.